U svrhu promicanja stručnog i znanstvenog rada iz svih područja farmacije, u HFD-u su osnovane slijedeće sekcije:

Rad pojedine sekcije vodi Izvršni odbor sekcije, kojeg biraju članovi sekcije na sastanku sekcije, a potvrđuje Upravni odbor HFD-a , većinom glasova prisutnih članova, na mandat od dvije godine.

Izvršni odbor sekcije između svojih članova  bira predsjednika sekcije na dvije godine, kojeg mora potvrditi Upravni odbor HFD-a. Ako izvršni odbor sekcije ne izabere predsjednika sekcije, imenovat će ga Upravni odbor HFD-a.

Sekcije utvrđuju način rada Poslovnikom, kojeg donosi Izvršni odbor sekcije , a potvrđuje Upravni odbor HFD-a.
Sekcije mogu organizirati predavanja, seminare, simpozije i slične skupove  vezane uz svoje stručno / strukovno / znanstveno područje, sukladno planu i programu rada, koji potvrđuje Upravni odbor HFD-a.
Sredstva potrebna za rad sekcije mogu se osigurati iz članarine sekcije, kao i iz drugih zakonski dopuštenih izvora prihoda. Visinu članarine utvrđuju članovi sekcije, a potvrđuje ju Upravni odbor HFD-a. Članarina sekcije uplaćuje se na račun HFD-a, a godišnjim planom i programom rada sekcije predviđa se trošenje prikupljenih sredstava.

Sekcije su obvezne dostaviti prijedlog financijskog plana za razdoblje za koje se odnosi i na način koji se donosi financijski plan HFD-a. Prikupljena sredstva pripadaju HFD-u i nisu posebno vlasništvo sekcija. Od ukupnog prihoda sekcije izdvajaju 10% sredstava za rad Ureda HFD-a.

Predsjednik sekcije je član Upravnog odbora HFD-a i mora biti redovni član HFD-a.

Članovi Izvršnog odbora sekcije moraju biti redovni, pridruženi ili počasni članovi HFD-a.

Članovi Izvršnog odbora Sekcije farmaceuta juniora mogu biti članovi HFD-a do navršenih 35. godina života.

U slučaju neaktivnosti Sekcije, Upravni odbor donosi odluku o stavljanju sekcije u stanje mirovanja.